平成11年度、経済産業省から委託を受けた産業環境管理協会により、「環境ビジネス発展促進等調査研究（委員長：國部克彦（神戸大学大学院教授））」が始まった。
　この中で、ドイツのIMUの行なっていたMFCA（マテリアルフローコスト会計）の情報がもたらされ、MFCAのワーキングが発足し、日本におけるMFCAの研究が始まった。ワーキングの委員長：水口剛（高崎経済大学助教授）、および委員：中嶌道靖（関西大学商学部助教授（当時））は、IMUのワグナー教授を訪問し、その後、日東電工を皮切りに、田辺製薬、タキロン、キャノンの合計4社が導入実験を開始した。
　平成14年6月、経済産業省から発行された「環境管理会計手法ワークブック」には、これら4社のMFCA適用事例が紹介され、MFCAの基本的なコンセプトと手法が確立した。その後、平成14年度から平成16年度にかけて、産業環境管理協会の事業として、「環境管理会計」の調査研究が継続された。平成16年度からは、MFCAの普及と活用手法研究を目的として、大企業向けと中小企業向けに分けて、「MFCA導入適用モデル事業」が実施され、MFCAの普及に弾みがついてきている。

※H14年度に増加した2社は、IGES（(財)地球環境戦略研究機関）のプロジェクトによるものである